Sie machen ein Modell und vergleichen ihre Beobachtungen der Erscheinungen mit diesem Modell. Besteht Übereinstimmung, nennt man dies "Wissen". Dieses Wissen versucht man experimentell zu überprüfen. Gelingt dies, nennt man dies "Tatsache"/"Faktum", bezeichnet also die wissenschaftlichen Ergebnisse als sozusagen ontische Wahrheit ("So ist es wirklich").
In der Naturwissenschaft funktioniert das alles recht gut - anders ist es in Sozialwissenschaften und Geisteswissenschaften. Dafür gibt es mehrere Gründe:
In der Naturwissenschaft sind verwendete Begriffe meistens eindeutig: Die Milz und die Lunge ist für alle Mediziner das gleiche wie auch das Higgs-Teilchen bei den Physikern. In den Geisteswissenschaft dagegen kann beispielswiese das Wort "Geist" ganz Unterschiedliches bedeuten. Der eine sagt "Geist ist das, was das Gehirn liefert, wenn es groß genug ist", der andere sagt "Geist ist das, aus dem die materielle Schöpfung ist". Überträgt man das eine System ins andere, kommt Bullshit raus - das geschieht ständig.
Auf Deine Frage bezogen "Woher der Wissenschaftler das weiss": Der eine WEISS aus seinem System/seinen Voraussetzungen heraus, das Geist das ist, was das Gehirn liefert, und kann das wissenschaftlich auch gut belegen. Daraus schließt ein weltanschaulich ausgerichteter Mensch, dass es Gottes Geist nur geben kann, wenn Gott ein materielles Gehirn hat und fügt hinzu: "Das sagt uns die Wissenschaft". Tut sie aber nicht - sie wird nur weltanschaulich missbraucht. Und jetzt kommt das Schlimmste: Die Missbrauchs-Täter erkennen das gar nicht, weil ihre Voraussetzungen ihnen einreden, dass es wirklich so ist.
Es ist also nicht so einfach.